home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Software USA: Summer Spectacular / Software USA Summer Spectacular.iso / mac / Education / Ball & Stick / A Quick Guide to B&S 3.7.1 next >
Text File  |  1997-12-11  |  7KB  |  154 lines
  1. Quick Guide to
  2. Ball & Stick 3.7 Demo
  3.  
  4. System Requirements
  5. Ball & Stick  will run on Macintosh Plus and later models. All features
  6. are fully functional in the demo version with the following limitations:
  7. 40 atoms per file and printed pages are superimposed with a banner.
  8. Ball & Stick 3.7 requires system 7.0 or later. To view the demo movies
  9. which come on separate disks QuickTime™ version 1.5 or later and
  10. MoviePlayer 1.1 or later are required.
  11.  
  12. Ball & Stick 3.7.1 DEMO requires System 7. and is System 8 compatible
  13.  
  14.     B&S3.71DEMO will run on all Macintosh computers from MacPlus upward
  15.                     including the PowerPC
  16.                     
  17. The full release of Ball & Stick 3.7 contains a so-called fat binary,
  18. which runs at maximum speed possible on both 68K and PPC Macintosh
  19. computers. There is also a a special version taking advantage of the math
  20. co-processor available in some 68K Macintosh models. This is included only
  21. in the full release.
  22.                     
  23.  
  24. Installation Procedure
  25. Ball & Stick is easy to install:
  26. 1. Lock the original disk (if it is not locked already).
  27. 2. Copy all of the files to a folder on your hard disk.
  28. 3. Move the files B&S.settings and B&S.lib into the Preferences folder 
  29. in the System folder. The settings file is used to
  30. load the default program settings and atom definitions at startup time.
  31.  
  32. Startup
  33. Double-click on the Ball & Stick application icon. You will be prompted to open
  34. a coordinate file. Choose one of the files from the data examples folder. After
  35. you have started the application, you may open files from the file menu. You
  36. may have two files open at one time.
  37.  
  38. NEW functionality in Ball & Stick 3.7 (partial list): 
  39.  
  40. B&S 3.7 runs native on the PowerMacintosh and Macintosh Computers from the Macintosh Plus upward.
  41. Custom highlighting of a Selection has been added to the Customize menu
  42. New Selection Dialog (by range, by residue) and a Select Inverse menu item for more flexible selections.
  43. Automatic file recognition and import have been improvedExport of Molfiles that are Chemintosh compatible.
  44. A distance matrix (in spreadsheet compatible format) may be exported via a new item in the Export menu.
  45. Optional saving of bond lists in PDB files.
  46. A new option allows the calculation of bondlists from files without bond information to be supressed. (see Preferences Dialog)
  47. General speedup of all operations on all platforms.
  48. Tremendous speed increase when running on PowerPC
  49. One more decimal digit is reported for atom coordinates.
  50.  
  51.  
  52. To introduce you to Ball & Stick here are a few operations for you to try.
  53.  
  54. Rotating the molecule
  55. Select the Transform menu and Rotate(mouse).
  56. Hold down the mouse inside the circle and drag to rotate.
  57. Select Rotate around axis and choose an axis. This rotation may be repeated by
  58. pressing the <enter> key.
  59.  
  60. Selecting atoms
  61. You may highlight an individual atom by clicking on it with the mouse. To
  62. select more than one, hold down <shift> key while clicking on   the atom.
  63. Double-click on a selected atom to display the control window.
  64. This gives quick access to the following commands:
  65.    rotation
  66.    xy-translation
  67.    xz-translation
  68.    distance change (2 or more atoms selected)
  69.    angle change(3 or more atoms selected)
  70.    torsion change  (4 or more atoms selected)
  71. +  zoom-in
  72. -  zoom-out
  73.  
  74. Highlighting
  75. After selecting two or more atoms choose the Highlight Selection command in the
  76. View menu. Select a color and hit Ok.
  77.  
  78. Display Model
  79. Change the type of display to whatever you prefer from the Model menu. The
  80. overlay skeleton, labelling and depth-shading may be toggled on and off.
  81.  
  82.  
  83. Customizing
  84. Use View menu to customize the background in Change Background. Change to black
  85. by dragging the cursor down the vertical bar. Obtain a full-screen image with
  86. Full Screen option.
  87. The menu bar appears when you click the mouse in the menu region.
  88. Try customizing the size, color and depth of shading of each of your atoms from
  89. the View menu.
  90.  
  91. Real-time operations
  92. Obtain a stereo image with the Stereo View option. Set up a series of rotations
  93. with the File menu Rotation Animation option. Select the number of rotations
  94. required and set to Screen Only. Select degree of rotation and watch you stereo
  95. image rotate.
  96.  
  97. Clipping
  98. Return to a single image (by selecting Stereo View again) and rotate the
  99. molecule with the mouse (Transform menu) until it appears end on (looking into
  100. the screen). Select View menu Front & Back Clipping to obtain a set of images
  101. from three angles. Drag the grey areas until you have isolated a small section
  102. of the molecule and select. You will now have a clipped region which you can
  103. easily manipulate. This is useful for dealing with large molecules. To perform
  104. several manipulations without updating the image each time you can first select
  105. Freeze Display.
  106.  
  107. Automatic Format Recognition
  108. Ball & Stick is able to analyze data files and extract the catesian, internal or
  109. unit cell coordinates from many popular formats. Only if automatic recognition
  110. fails, which may be due to a confusing title line in some formats you can use the
  111. Import command described below.
  112.  
  113. Import files
  114. To see what types of file format you can import go to File, Import and view the
  115. options. Among these you will find the Cambridge Structural Database and
  116. Protein Structure Databank (Brookhaven) formats.
  117.  
  118. Export files
  119. To see what types of file format you can export go to File, Export and view the
  120. formats supported.
  121.  
  122. Building of new structures
  123. Select File, New. If you have correctly installed the example B&S.lib file provided
  124. the item Load Fragment in the Build menu is active now. Select Build, Load Fragment,
  125. ethyl- and an ethyl fragment will be loaded. Now choose Build, Merge Fragment, phenyl-.
  126. Click Ok in the next dialog and ethylbenzene will appear on your screen.
  127. You can center it on the screen by selecting Transform, Center.
  128.  
  129. The full version of Ball & Stick includes a library of basic organic fragments,
  130. a library of amino acids and a structure collection of 200+ important organic
  131. and pharmaceutical chemicals.
  132.  
  133.  
  134. If you want to know more about Ball & Stick please contact:
  135.  
  136. Norbert Müller
  137. Institut für Chemie
  138. Johannes Kepler University
  139. A-4040 Linz, AUstria
  140. Tel: +43 (0)732 2468 746  Fax: +43 (0)732 2468 747
  141. e-mail: norbert.mueller@jk.uni-linz.ac.at
  142.  
  143. Web: http://ocwww.chemie.uni-linz.ac.at/mueller/mueller.html
  144.  
  145. Currently (Oct. 1997) a free updater for B&S 3.7 is posted on this web site,
  146. which makes B&S compatible with MacOS8.
  147.  
  148. The full package includes a universal Mac (MacPlus and newer) version 
  149. which is accelerated for the PowerPC.
  150. The license is given for use on a single computer at a time.
  151. Registered users can also obtain pre-release versions free for one year
  152. after purchase.
  153.  
  154.